熊貓星球在百年慶典之時被邪惡的鼠司令一伙趁機占領，他控制所有的熊貓，把他們都變成了小丑，而太空熊貓和他的小伙伴則因為意外逃過一劫，來到了熊貓星球內部神秘的地下世界。在神秘的地下世界中太空熊貓為拯救熊貓一族勇敢的踏上了尋找熊貓一族最大的秘密神器，可鼠司令卻另有打算，他要奪去熊貓一族的希望，更利用神器滿足自己更大的野心，統治全宇宙。雙方人馬在神奇的地下世界中展開一系列的斗智斗勇，可太空熊貓卻不知道危險早已逼近自己，面對親情友情他將如何面對，太空熊貓能不能拯救熊貓星球……